一般在健身鍛煉時，有氧運動和無氧運動要起到互補性的結合安排作用，包括運動順序、運動量和運動強度、 訓練側重目標等方面。
運動鍛煉需要能耗支持，有氧運動的中后程是消耗脂肪為主；而無氧運動則以消耗體內糖原為主，這就決定了運動必須結合兩者的性質和關系：鍛煉先無氧，后有氧；有氧注重運動量，無氧著重運動強度；有氧側重減脂訓練，無氧側重肌肉訓練。
運動順序的結合
有氧運動和無氧運動可以分開訓練，這樣能保持一定的體能與精力，較好地集中于目標訓練，鍛煉也各有所取，如安排兩天的無氧運動，再做一天的有氧訓練，這樣交替進行。
如果是有氧運動和無氧運動放在一起訓練，應該先做無氧后做有氧，因為無氧運動要消耗體內糖原，然后接著再做有氧運動時，就能直接進入耗脂代謝的階段，銜接更完美，鍛煉效率高。
運動量和運動強度的結合
有氧運動是需要一定的持續時間來保證的，這樣才有有氧燃脂的有效性，然而強度要低些，不然無法堅持較長時間，所以具體會體現在運動的量上面，如慢跑30分鐘或5公里以上、持續幾十分鐘健身操就能取得較好的有氧效果。
無氧運動是體現在高的運動強度上，爆發力足、節奏快是無氧運動的特征，無論是力量舉重還是速度奔跑，都具有強烈的投入感，而不能拖拖拉拉以溫和的方式訓練，在精神和體力較飽滿的時候做無氧鍛煉較好。
所以，若有氧和無氧結合一起練，應在體能充沛的情況下先滿足無氧運動的高強度（大負荷或快節奏）；在無氧結束后再做有氧訓練，保持運動量，運動強度小些（低抗阻和慢速率），在處理好強度和運動量關系的情況下，兩者的訓練效果會俱佳。
訓練側重目標的結合
有氧運動側重減脂和耐力訓練；而無氧運動側重肌肉和力量訓練。鍛煉的目標不同，因而鍛煉者的運動側重內容也會不同。
若以降脂減肥、提升耐力為訓練目標，應側重有氧運動的訓練項目，有氧內容的比例占多，無氧運動少些。為了不讓肌肉力量過于削弱，在單獨訓練日或在有氧運動前，可以保持一定強度的肌肉抗阻訓練：如俯臥撐、引體向上及深蹲之類的無氧運動。
若以發展肌肉力量或速度爆發力為訓練目標，則要側重于無氧訓練，無氧運動內容占據主要，有氧運動為次，因為做多有氧運動會消耗肌肉蛋白，對增肌不利，此時做有氧運動是為了維持身體的代謝平衡，限制體脂的增多。所以不宜長時間做有氧訓練，如在跑步機、動感單車上訓練半小時即可。
